问题线索处置环节是监督检查和审查调查工作的重要风险点。在纪检监察机关内部实现问题线索处置的规范流程，需要把握以下五个步骤。
第一步，线索受理。纪检监察机关信访举报部门归口受理同级党委管理的党组织和党员、干部以及监察对象涉嫌违纪或者职务违法、职务犯罪问题的信访举报，统一接收有关纪检监察机关、派驻或者派出机构以及其他单位移交的相关信访举报。在纪检监察机关内部，除信访部门外，监督检查部门、审查调查部门、干部监督部门等都可能发现相关问题线索；在纪检监察机关外部，党委巡视巡察工作机构和审计机关、行政执法机关、司法机关等单位也会向纪检监察机关移交相关问题线索。无论问题线索来自何处、由谁收到，千条线、万条线，最后都要统一归口到案件监督管理部门这“一根针”。
第二步，集中管理。要集中统一确保规范管理。以前，来自不同渠道的问题线索分散在纪检监察机关的不同部门，有的纪检监察室甚至包揽了从受理到处置的全过程，存在监管上的风险和漏洞，出现了个别纪检干部私自留存、擅自处置问题线索甚至以案谋私问题。《监督执纪工作规则》对问题线索的管理处置方式进行了重大改革，直指风险点，从体制机制上有效避免了“问题线索锁在个人抽屉里”以及“办与不办部门说了算”“个人说了算”等问题的发生，防止对问题线索私存截留、擅自处置和通风报信等问题的出现。
第三步，分类处置。承办部门在收到案件监督管理部门移送来的问题线索后，需要召开会议对问题线索进行集体研究。按照《监督执纪工作规则》规定，纪检监察机关应当结合问题线索所涉及地区、部门、单位总体情况，综合分析，按照谈话函询、初步核实、暂存待查、予以了结四类方式进行处置。对反映的问题情节轻微，或者不具可查性但需要本人作出说明的，应当进行谈话函询；对反映的问题有存在的可能性和可查性，需要追究纪律法律责任的，应当进行初步核实；对反映的问题虽具有一定的可查性，但由于时机、现有条件、涉案人一时难以找到等种种原因，暂不具备核查的条件而存放备查，对于确定暂存待查的线索，一旦条件成熟应立即开展核查工作；对反映的问题失实或没有可能开展核查工作而采取的线索处置方式，包括虽有违纪事实但情节轻微不需追究纪律法律责任，已建议有关党组织作出恰当处理的，以及被反映人年龄过大、患有严重疾病，或者反映问题发生时间久远、无法查证的，或者被反映人已去世的，或者已有明确调查结果、又有重复反映的，经批准可以予以了结。
第四步，分析研判。注意把握好“树木”与“森林”的关系，任何一个线索的处置都是政治，必须体现中央对当前形势的判断和任务要求。在线索处置方面，纪检监察机关既要对个体问题线索提出实事求是的处置意见，也要全面掌握所联系地区、部门或单位的情况，深入分析研判“森林”状况。《监督执纪工作规则》提出，纪检监察机关应当根据工作需要，定期召开专题会议，听取问题线索综合情况汇报，进行分析研判，对重要检举事项和反映问题集中的领域深入研究，提出处置要求，做到件件有着落；同时要求，承办部门要结合问题线索所涉及地区、部门、单位总体情况综合分析。这就要求纪检监察机关在处置具体问题线索时，要提高政治站位，把握“树木”与“森林”的关系，不能满脑子都是一个个具体的线索和案件，只见“树木”、不见“森林”。
第五步，情况报告。监督检查和审查调查工作是严肃的政治工作，必须重程序、讲规矩，加强请示报告，不仅报告结果，也报告过程，这不是一般的工作程序要求，而是政治立场、政治纪律问题。决不能先斩后奏，更不能搞倒逼、“反管理”，把事儿办得差不多了，甚至已经既成事实了，再往上一端。《监督执纪工作规则》要求严格执行请示报告制度，坚持民主集中制，线索处置中的重要问题应当经集体研究，报纪检机关主要负责人、相关负责人审批。同时要求“监督执纪工作以上级纪委领导为主，线索处置、立案审查在向同级党委报告的同时必须向上级纪委报告”。这些规定既是组织原则，也是工作程序，更是一项基础性工作，需要扎实做好。